El organismo dispone de un sistema de defensa inespecífico que le permite defenderse de los patógenos externos en ausencia de un contacto previo con ellos (en ausencia de reconocimiento), y de un sistema de defensa específico, más desarrollado y sofisticado, que le permite defenderse con eficacia frente a los microorganismos y que exige para su desarrollo de un reconocimiento previo del agente.
Este segundo mecanismo de defensa puede adquirirse por contacto con el agente o sus antígenos a través de una infección, por inoculación voluntaria (vacunación) o por administración de anticuerpos preformados en otro organismo (anticuerpos maternos transferidos a través de la placenta o por administración de sueros hiperinmunes). Esta respuesta es específica y con capacidad de distinguir entre lo propio y extraño; en las ocasiones en las que existe conflicto en este reconocimiento aparece la enfermedad autoinmune.
La respuesta es mas o menos persistente y capaz, además, de dejar recuerdo de este su primer contacto con el antígeno (memoria inmunológica) que le permitirá reaccionar de forma más eficaz y violenta en las exposiciones posteriores al mismo antígeno.
El hecho de que el organismo disponga de una respuesta inmune específica no solo capacitará para defenderse de esos agentes sino que nos permitirá conocer en muchos casos la presencia de una enfermedad infecciosa; esta es la base del diagnóstico microbiológico indirecto. La denominación de indirecto se refiere a que el diagnóstico no se hace por aislamiento e identificación del microorganismo causante de la infección, sino a través de la respuesta del huésped, es decir, de forma indirecta.
